É um meio viscoso, rico em proteínas, no qual se encontram numerosos ribossomas de tipo 70S (semelhantes aos que se encontram nas mitocôndrias) e inclusões de diversa natureza. Não contem nem organitos membranares, nem vacúolos.
Entre as diversas inclusões detectáveis no citoplasma, referem-se: os grãos de glicogénio e de poli-b-hidroxibutirato, que constituem reservas de carbono; os grãos de cianoficina, próprios das cianobactérias, que são reservas de azoto sob a forma de aminoácidos; os carboxissomas, presentes em muitas cianobactérias e bactérias nitrificantes e que são reservatórios de ribulose-1,5-difosfato carboxilase, enzima específica do mecanismo bioquímico de fixação do CO2; os magnetossomas, partículas de magnetite e que proporcionam orientação no campo magnético terrestre; ou ainda os vacúolos de gás, que são organitos de flutuação.
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